Во времена династии Мин шаолиньское боевое искусство вступило в период расцвета. В то время ушу интенсивно преподавалось не только в Шаолиньском монастыре, но и за его пределами осуществлялось обучение мастерству боя, проводились показательные выступления. Многие монахи-бойцы принимали участие в военных действиях императорской армии. С воцарением династии Цин шаолиньское ушу подверглось гонениям со стороны властей. Поэтому в начале династии Цин монахи стали тайно заниматься ушу. Выступления монахов-бойцов были запрещены. Однако в обществе шаолиньское боевое искусство кулачного боя по-прежнему высоко ценилось и широко распространялось. Это было связано с тем, что цинский императорский двор запретил создание в народе тайных религиозных сообществ.
Трудный путь шаолиньского ушу начался с маньчжурского правления Китаем. После гибели династии Мин в стране начали господствовать маньчжуры, которых в Китае считали иноземцами. В Китае исторически сложилось враждебное отношение к неханьским народностям и племенам. Ханьцы, составлявшие большую часть населения Китая, были недовольны созданием династии Цин. Для ее свержения в народе стали создаваться тайные религиозные сообщества. В начале правления династии Цин новые власти жестоко расправились с некоторыми тайными обществами. В 1646 году — на третий год правления императора Шуньчжи (1643 - 1661 гг.) был издан указ о выявлении тайных организаций, аресте их членов и их беспощадном наказании. Хотя цинский двор издавал указы о строгом запрещении народных религиозных организаций, однако в то время народные антицинские союзы и общества отнюдь не были на виду, были довольно слабы, к тому же они не имели никакого отношения ни к Шаолиньскому монастырю, ни к шаолиньскому кунфу.Поэтому в начале правления династии Цин Шаолиньский монастырь считался обычным монастырем, а не противоцинской общиной, и цинская власть не принимала мер для ограничения и предотвращения занятий ушу в Шаолине. Наоборот, она оказала значительную поддержку развитию Шаолиньского монастыря.
Отношение цинской власти к Шаолиню оставалось таким же, как во времена правления династии Мин. В 1639 году, еще при династии Мин, настоятель Шаолиньского монастыря Хайкуань получил от императора официальную инвеституру на управление Шаолинем. После гибели минской империи в 1646 году цинский император Шуньчжи также назначил Хайкуаня настоятелем Шаолиня. Однако из-за болезни ног он не мог отправиться в столицу для получения императорского документа. Только в конце 1656 года Хайкуань прибыл в столицу и на следующий год получил официальную грамоту в комиссии по ритуалам и официально стал настоятелем Шаолиньского монастыря. В 1652—1653 годах по инициативе цинской власти в монастыре были проведены масштабные ремонтные работы. Всё это свидетельствует о том, что в начале правления династии Цин монахи Шаолиня могли по-прежнему открыто заниматься кунфу, как и при династии Мин. Все исторические документы подтверждают этот факт. В начале правления династии Цин главным оружием при занятии ушу был шест, а не холодное оружие, так как при династии Цин народу было запрещено носить оружие.
Гражданская война, вспыхнувшая в конце правления династии Мин, оказала сильное влияние на Шаолинь: в начале правления династии Цин значительно меньше стали заниматься ушу. В "Записках о ремонте Шаолиньского монастыря" (“Чун сю Шаолинь-сы цзи") кисти Фу Цзинсина подробно говорится о влиянии войны на Шаолиньский монастырь. После войны Шаолиньский монастырь пришел в упадок. В стихах "Шаолинь-сы" ("Шаолиньский монастырь") начальник уезда Дэнфэн Е Фэн описывал состояние монастыря в то время. Он утверждал, что вначале правления императора Канси (1661 - 1722 гг.) монахов стало меньше. Вечерами было тихо и спокойно среди строений монастыря: все поросло травой. Носитель высшей ученой степени цзиньши Ван Утянь тоже описал запустение Шаолиня: монастырь старый, монахов мало. Как свидетельствуют данные записи, здания Шаолиньского монастыря обветшали, монахов стало меньше. Редко кто в те годы посещал Шаолинь. Но хотя и монахов стало меньше, и мало кто из них занимался ушу, все-таки они могли открыто тренироваться.
В середине и конце правления императора Канси, в связи с увеличением числа тайных народных антицинских общин, действовавших под лозунгом "свергнем Цин, возвратим Мин", лидеры таких общин начали поиск и объединение всех противоцинских сил. С этой целью они использовали авторитет шаолиньского кунфу (кунг-фу, гунфу) и монастыря Шаолинь. Самыми представительными тайными общинами, которые пользовались шаолиньским боевым искусством для противодействия цинскому правлению, являются Тяньдихуэй ("Союз Неба и Земли") и Байляньцзяо ("Учение Белого лотоса"). Тяньдихуэй — это тайное общество, целью которого было свержение власти Цинов в период правления императора Канси. Данная община открыто называлась Хунмэнь ("Врата могущества"), в память основателя династии Мин императора Чжу Юаньчжана, правившего под девизом Хунъу ("Могущественная воинственность", 1368 - 1398 гг.). Все члены организации называли друг друга "братьями Врат могущества". Члены Тяньдихуэй хорошо знали слабые стороны своей организации. Для воодушевления и подъема масс на борьбу против цинского правления Тяньдихуэй решило использовать шаолиньское кунфу - искусство рукопашного боя. Чтобы посеять смуту среди почитателей шаолиньских монахов и поднять их на борьбу против цинской власти, лидеры Тяньдихуэй выдумали историю о якобы сожжении монастыря Шаолинь Цинами.
В записях Ло Эргана, Сяо Ишаня, касающихся антицинских тайных обществ, а также в других подобных исторических материалах зафиксирована такая история: при императоре Канси в районе Западного Лу (историческое название западной части провинции Шаньдун) был поднят мятеж; императорский двор направил армию для карательной экспедиции против мятежников, но войска потерпели поражение. Император опубликовал указ, в котором тому, кто подавит мятеж, были обещаны высокий чин и большая денежная награда. Монахи Шаолиня подали прошение императору об участии в войне против мятежников и одержали над ними победу. Впоследствии шаолинец-отступник Яци ложно обвинил шаолиньских монахов в том, что они замыслили измену. Император Канси, не проводя расследования, направил императорские войска в составе более 10 тысяч человек в Шаолинь и ночью, когда монахи спали, каратели сожгли монастырь. Из 108 монахов-бойцов только пятеро остались в живых.
В предании общины Хунмэнь говорится о сожжении по императорскому приказу Южного Шаолиня в провинции Фуцзянь на юге Китая, но на самом деле эта история подразумевала Шаолиньский монастырь в горах Суншань, колыбель шаолиньского боевого искусства. Целью этой выдуманной истории было вызвать гнев и недовольство неблагодарностью и вероломством цинской власти: шаолиньские монахи совершили подвиг, но были убиты. Община Хунмэнь рассчитывала с помощью этой истории поднять народ на борьбу против цинской власти в отмщение за пострадавших. Другая влиятельная народная организация при династии Цин – это община Байляньцзяо. Она тоже использовала авторитет шаолиньского ушу в противостоянии династии Цин. Эта народная община была создана еще при династии Сун. Во времена династий Юань и Мин она неоднократно проводила вооружённые восстания против властей. После создания династии Цин она также подняла свой боевой флаг против маньчжурской администрации. При этом руководители общины считали, что обучение ее членов шаолиньскому кулачному бою способствует поднятию их боевого духа. В атмосфере роста недовольства династией Цин и антицинской деятельности императорский двор приступил к масштабным преследованиям тайных религиозных народных организаций.
В таких условиях монастырь Шаолинь и шаолиньские монахи, становившиеся орудием народных религиозных общин, направленным против Цин, стали подвергаться давлению со стороны цинской династии. После того как народные религиозные организации начали использовать Шаолиньское кунфу в качестве оружия сопротивления власти Цин, императорский двор кардинально изменил своё отношение к Шаолиньскому монастырю. Он прекратил поддержку и всячески старался ослабить развитие Шаолиня. В 1666 году, на 5 год правления императора Канси, умер настоятель Хайкуань. По предписаниям император должен был назначить нового настоятеля. Но двор Цин прекратил традицию назначения настоятелей. Таким образом, существовавшая более 500 лет традиция назначения правительством настоятелей Шаолиньского монастыря прервалась.
С этого времени под давлением цинской власти в Шаолине наступил период смуты. А во время правления императора Юнчжэна (1722 - 1735 гг.) Шаолинь совсем пришёл в упадок. Наместник округа Хэдун Ван Шицзюнь очень переживал запустение монастырской жизни в Шаолине и подал просьбу императору о разрешении проведения ремонта построек монастыря. Заявление было принято и одобрено, но император Юнчжэн счел нецелесообразным ремонт строений "общинных дворов" (мэньтоуфан), окружавших Шаолинь. И он приказал снести 25 таких дворов, находившихся около Шаолиньского монастыря и ранее служивших местами тренировок монахов. Император Юнчжэн также был недоволен деятельностью Шаолиньского монастыря, поэтому после его ремонта он не согласился на назначение шаолиньского настоятеля. На этот пост он хотел поставить монаха из Пекина, которому он лично доверял. Из этого можно видеть, что, хотя отношение Юнчжэна к Шаолиню не было таким жестким, как к народным религиозным союзам, однако ограничений все же было очень много.
С подъемом в обществе деятельности религиозных народных организаций, пользующихся шаолиньским кунфу как оружием против правления династии Цин, во время правления императоров Юнчжэна и Цяньлуна (1722 - 1795 гг.) императорская власть смотрела на монахов, занимающихся ушу, как на пособников "ересей", "вредоносных учений" (сецзяо). На 5-й год правления императора Цяньлуна (1740 г.) генерал-губернатор провинции Хэнань Ярту в своём докладе, представленном императору, отмечал, что в провинции Хэнань много людей занимаются боевым искусством, а Шаолиньские монахи часто собираются вместе для демонстрации ушу, чем нарушают общественный порядок; некоторые тайные общества активно приглашают их в свои организации для обучения бойцов.
С начала правления Юнчжэна в условиях запрета на занятия и обучение боевым искусствам шаолиньские монахи для обеспечения своей безопасности и избежания розыска со стороны властей стали тайно тренироваться в искусстве рукопашного боя. В те времена в Шаолиньском монастыре нельзя было увидеть картину занятий боевым искусством, нельзя было увидеть и выступлений монахов. В литературных памятниках, стихах или надписях на стелах эпохи Цин не увидеть ни слова о занятиях монахов ушу. В приводившихся ранее стихах начальника уезда Дэнфэн, где находится Шаолиньский монастырь, хорошо показаны упадок и запустение Шаолиня. Занятие боевым искусством шаолиньских монахов терпело небывалые ограничения.